O clima de São José dos Quatro Marcos é o tropical subúmido, no qual há duas estações bem definidas: verão úmido e inverno seco. As estações da primavera e verão caracterizam-se pelas chuvas; as estações de outono e inverno caracterizam-se pela estiagem e eventuais dias frios e boa parte das madrugadas amenas ou frias.